甑皮岩遗址于1965年6月3日在广西文物普查中被发现，6月4日至9日，对遗址进行试掘。
1973年，桂林市文物管理委员会对遗址进行第一次（抢救性）考古发掘。较大面积的发掘持续到1975年。而配合建设博物馆、修封闭门及采样所进行的零星清理工作延续至1979年。发掘负责人阳吉昌。
2001年，中国社会科学院考古研究所、广西壮族自治区文物工作队、桂林甑皮岩遗址博物馆、桂林市文物工作队联合组成考古队，对遗址进行第二次（主动性）考古发掘。发掘领队傅宪国。
